يتكون الهيكل التنظيمي لمركز القياس والتقويم بجامعة بورسعيد عند اكتمال نضجه من مجلس الادارة، مدير المركز، نائب مدير المركز، وعدد (5) وحدات داخلية للمركز، وجميع وحدات القياس والتقويم بالكليات، وللمركز أن ينشئ وحدات أخري عند الضرورة بناء على اقتراح مدير المركز.